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La unidad comando consiste en un escuadrón de soldados de élite, especializados en operaciones secretas y de infiltración. Al controlar al líder de la unidad comando, podrá completar varias misiones. Con base en el cuartel general de las fuerzas especiales, la unidad comando podrá usar varios vehículos, como un helicóptero Chinook o una lancha neumática de alta velocidad para infiltrarse tras las líneas enemigas y atacar sus bases y a sus agentes.
El comando cuenta con armas y equipos especiales: minas marinas o terrestres, bombas de humo, máscaras antigás, rifles de asalto con mira láser, etc.

El jefe de comando puede reclutar a soldados para su unidad y también entrenar para incrementar su nivel de experiencia y así mejorar las posibilidades de éxito de las misiones venideras.

Con el jefe de comando se puede jugar de dos maneras: solo o poniéndolo al frente de su unidad sobre el terreno.

Cuando el jefe comando actúa al frente de su unidad, son posibles varias tácticas:

• desplazarse discretamente sobre el terreno;
• sembrar campos de minas tanto en tierra como en el mar (con su lancha neumática), sea cual sea el territorio, a fin de infligir daños a las tropas enemigas que los cruzan;
• lanzar ataques relámpago sobre bases militares enemigas. Si tiene éxito, con ello destruirá algunas de las unidades allí presentes sin revelar el origen de los atacantes;
• sabotear las unidades sobre el terreno para neutralizarlas durante varios días.
  
  Cuando el jefe comando actúa solo, puede infiltrarse fácilmente en las instalaciones, usar granadas de humo para bloquear a otros personajes y reducir su nivel de defensa o matarlos con su rifle de asalto con cargador de gran capacidad.
  Gracias a su helicóptero Chinook, también puede repatriar un objetivo desde el extranjero evitando los controles fronterizos.
  Sus habilidades de infiltración también serán útiles para colocar bombas, secuestrar a alguien o permitir su evasión.
  
  Lista de funciones:
  
  
• Nueva clase de personaje que se puede reclutar y utilizar desde el comienzo del juego.
• 2 formas de jugar con el jefe comando que permiten diferentes tácticas de juego: solo o al frente de una de sus unidades de combate.
• La unidad comando permite a los jugadores atacar tras las líneas enemigas sin que se sepa quién ordenó el ataque, colocar trampas sobre el terreno y realizar operaciones de infiltración o exfiltración.
• Al personaje comando se le añaden 10 nuevas acciones respecto a las ya disponibles para otros personajes: Entrenamiento de su unidad de comando, incorporación a su unidad de comando, infiltración en lugares seguros, exfiltración de agentes ubicados en territorio enemigo, creación de campos minados, uso de granadas de humo, ataques relámpago contra bases, sabotaje de unidades militares, entrenamiento de la unidad comando, vigilancia de embajadas y lugares de gran importancia...
• Nuevo equipamiento para aumentar las posibilidades de éxito y desarrollar nuevas estrategias: rifle de asalto con mira láser, cargador de gran capacidad y granadas de humo.
• Nuevos vehículos para el personaje comando y sus tropas de élite, a fin de adaptarse a todas las situaciones: un todoterreno militar de baja detectabilidad, una lancha neumática y un helicóptero Chinook.
• Nuevos rostros y nuevos textos para una inmersión completa en el mundo de las operaciones secretas.