Sur l'île magnifique de Tropico, il ne pleut jamais ; tels sont les ordres d'El Presidente. Ainsi, quand les nuages pointent le bout de leur nez et que la pluie commence à tomber, c'est mauvais signe. Les rumeurs racontent qu'un groupe de citoyens s'est formé autour d'un culte mystérieux, et qu'ils ont jeté une malédiction sur Tropico. Une nouvelle autorité surnaturelle cherche à s'emparer du pouvoir, et vous, dans la peau d'El Presidente, devez faire appel aux forces divines pour dissiper la malédiction. C'est là qu'intervient l'Inquisition.

Déployez les forces spéciales fournies par l'Inquisition sur Tropico, et maintenez leur condition en leur bâtissant un nouveau QG qui servira de base militaire pour se débarrasser des cultistes et de leurs méfaits surnaturels. Mais prenez garde à ne pas leur donner trop d'influence. Assurez-vous de leur rappeler que seul vous, El Presidente, êtes en droit de régner sur Tropico. Ce n'est qu'avec l'aide de votre discipline et expertise que Tropico pourra redevenir ce paradis qu'il était autrefois.